Il sottosuolo di Napoli è attraversato da una grande rete di cunicoli, gallerie, acquedotti e spazi scavati ed utilizzati dall'uomo durante la storia della città sin da diversi secoli avanti Cristo fino a pochi anni dopo la fine del secondo conflitto mondiale, ed ancora oggi, almeno in parte, visitabili. I siti del sottosuolo si distinguono dai reperti archeologici sotterranei per la loro origine sotterranea sin dalla realizzazione. L'edificio che attualmente ospita il museo è il palazzo degli Studi, costruito nel 1585 come "caserma di cavalleria". Il palazzo rappresenta una certa rilevanza architettonica essendo infatti uno dei più imponenti palazzi monumentali di Napoli. Esso insiste sull'area di un'antica necropoli della greca Neapolis: la necropoli di Santa Teresa.